1998年
一、湖南医大（已并入中南大学） 人类遗传性神经性高频性耳聋疾病基因
二、清华大学 利用碳纳米管制备氮化镓纳米棒
三、上海二医 利用组织工程学的方法制备人耳廓形态软骨
四、清华大学 大型集装箱检测系统
五、中国科大 从四氯化碳催化热解制金刚石
六、合作项目 高清晰度电视功能样机系统研究开发（清华、上交、天津、西电、成电、浙大等）
七、哈 工 大 8％扑虱灵农药水面扩散剂
八、中南工大（现中南大学） 铁精矿冷固结球团煤基直接还原新工艺
九、西南交大 机车车辆整车流动振动试验台
十、北京大学 点睛计算机辅助动画制作软件

1999年
一、南京大学 离子型声子晶体的光学性质
二、西北大学“寒武纪生命大爆发”的研究
三、中南工大（现中南大学） 流场法探测堤坝渗漏及汛期管涌研究
四、东北大学多变量智能解耦控制理论、方法及应用
五、北京医大 自体血液回收利用系统
六、同济大学南海大洋钻探
七、电子科大 高亮度、高分辨率YAG投影显示管及其新型投影电视机
八、华中科大 华中I型数控系统的产业化
九、北京大学 支持微处理器设计的软硬件协同设计环境（JBCODES）及JBCore16位微处理器
十、吉林大学新型微孔晶体合成与新合成路线开发研究

2000年
一、云南农大 水稻遗传多样性控制稻瘟病理论和技术
二、中国科大 过去3000年企鹅数量变化与环境演变
三、第二军医 树突状细胞来源的全长新基因的发现与功能研究
四、国防科大 类人型步行机器人研究
五、上海交大 深亚微米集成电路设计技术
六、清华大学 ±20Mvar 新型静止无功发生装置（ASVG）的研制
七、北京大学 亚纳米碳管的稳定性研究
八、北京大学 国家空间信息基础设施关键技术研究
九、复旦大学 分子计算机用逻辑门材料
十、东华大学 年产100吨莱赛尔纤维的国产化工艺与设备的研究

2001年
一、上海交大 H基因的突变导致了A-1型短指(趾)。
二、西南交大 高温超导磁悬浮实验车。
三、中国科大 C60单分子的高分辨表征和新型二维取向畴。
四、中国地质 全球二叠系-三叠系界线层型研究。
五、北京大学 中国陆地生态系统碳循环及植被生产力的研究。
六、合作项目 中国高速互连研究试验网络NSFC??NET（清华、北大、北邮、北航等）。
七、南京大学 光学超晶格紫外—绿、蓝—红双波长小型全固态激光器。
八、中南大学铝合金超常铸轧技术与设备。
九、中国地质 国际合作西藏高原深剖面探测的大地电磁研究。
十、东华大学 高纯粘胶基碳纤维的研制及300Kg/y粘胶基碳纤维扩试线。

2002年
１．吉林大学原始被子植物新类群“古果科”的建立
２．清华大学 连续碳纳米管长线及其应用
３．石油大学 中国复杂区油气地球物理勘探理论与技术
４．中南大学我国铜矿生物提取专属菌种选育及提铜产业化应用
５．北京大学 人类细胞衰老主导基因ｐ１６作用机制及其负调控
６．北京大学 利用ＤＮＡ微阵列芯片研究拟南芥光调控发育过程
７．北京科大 青藏铁路风火山隧道制氧供氧系统研制与应用
８．中山大学 鼻咽癌分子遗传学研究
９．海军工程 交直流电力集成双绕组发电机系统
１０．东华大学 舱外航天服外层防护材料研究

2003年
1 北京大学： “中国早期蝾螈两栖类化石研究”；
2 同济大学： “人类心房颤动致病基因的发现”；
3 清华大学： “10兆瓦高温气冷实验反应堆”；
4 北京科大： “钢的组织性能综合控制理论及应用”；
5 浙江大学： “DNA修复开关基因的发现与鉴定”；
6 北大医科： “颈椎病诊断与治疗研究”；
7 西南农大： “中国家蚕基因组序列‘框架图’”；
8 第二军医： “烧伤后全身炎症反应综合征和多器官损伤的基础与临床研究”；
9 中国科大： “多光子量子纠缠态的操纵与鉴别”；
10 石油大学： “大、中型油气田成藏定量模式研究”。

2004年
1浙江大学、清华大学主持完成的“马里诺—瓦发猜想的证明”，
2 中国科学技术大学主持完成的“五光子纠缠和终端未定量子隐形传态的实验实现”，
3华东师范大学主持完成的“光学频率合成与传递技术研究”
4中国地质大学(北京)、西北大学主持完成的“中国澄江化石库中发现棘皮动物始祖”
5第二军医大学、浙江大学主持完成的“新型树突状细胞亚群的发现及其免疫调节作用和机制的研究”
6清华大学主持完成的“调控动物胚胎中胚层形成的一种新机理”
7哈尔滨工业大学主持、中国航天科技集团公司五院等单位参与完成的“‘试验卫星一号’研制与飞行演示验证”
8中国教育和科研计算机网CERNET网络中心主持完成的“中国下一代互联网示范工程CNGI核心网CERNET2主干网”
9西北工业大学主持完成的“耐高温长寿命抗氧化陶瓷基复合材料应用技术”
10中南大学主持完成的“高性能炭/炭航空制动材料的制备技术”