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全国优秀博士学位论文评选工作是由教育部和国务院学位委员会批准并组织进行的，旨在逐步建立有效的质量监督和激励机制，推动研究生教育工作重点切实转移到提高培养质量上来，培养和激励在学博士生的创新精神，促进高层次创造性人才脱颖而出。该项评选工作已列入《面向二十一世纪教育振兴行动计划》。

评选工作的原则是：科学公正、注重创新、严格筛选、宁缺毋滥。

评选标准为：选题为本学科前沿，有重要的理论意义或现实意义；在理论或方法上有创新；取得突破性成果，达到国际同类学科先进水平，具有较好的社会效益或应用前景；材料详实，推理严密，文字表达准确。

首届全国优秀博士学位论文评选工作从1998年5月启动。评选范围主要为1995年至1997年在国内获得博士学位者的学位论文。1999年6月教育部和国务院学位委员会批准首届全国优秀博士学位论文名单。2000年1月，根据《高等学校全国优秀博士学位论文作者专项资金资助办法》，首批51个资助项目获得批准。

1999年8月，教育部和国务院学位委员会印发《全国优秀博士学位论文评选办法》。

2000年全国优秀博士学位论文评选工作从1999年8月启动。评选范围主要为1997年9月至1998年8月间在国内获得博士学位者的博士学位论文， 1995年9月至1997年8月间的部分博士学位论文也参加了评选。

评选工作经过学位授予单位推荐、省级学位委员会或研究生教育主管部门初选、同行专家通讯评议三个阶段后，由专家审定会最后确定入选论文名单。

为更好地保证所评选出的全国优秀博士学位论文的质量，提高评选结果的公正性和准确性，树立良好的学术风气和维护科学道德，有发现入选论文存在剽窃、作假现象，或论文的主要研究成果不能成立等严重问题者，自入选论文名单公布之日起60日内，可以书面方式提出异议。

异议期限结束后，全国优秀博士学位论文由教育部和国务院学位委员会批准。根据《面向21世纪教育振兴行动计划》的安排，教育部将资助出版优秀博士学位论文，并对在高等学校工作的优秀论文作者给予教学和科研资助。